《政府采购协议》规定，应依照招标文件列明的标准和基本要求授予合同。联合国国际贸易法委员会《货物、工程和服务采购示范法》也明确规定，不论采取何种采购方式，均须在招标文件中明示采购合同如何生效。由于我国立法在政府采购合同生效问题上存在着缺陷，从而给我们的实践和法律适用都带来困惑。
一、现行法律在政府采购合同生效问题上存在着矛盾。立法没有清楚界定政府采购合同何时对采购人和供应商发生合同约束力。根据《政府采购法》第四十四条、第四十六条规定，采购人与中标、成交供应商应当在中标、成知书发出之日起三十日内，按照采购文件确定的事项签订政府采购合同。中标、成交通知书对采购人和中标、成交供应商均具有法律效力。中标、成交通知书发出后，采购人改变中标、成交结果的，或者中标、成交供应商放弃中标、成交项目的，应当依法承担法律责任。政府采购合同应当采用书面形式。
从前述规定来看，中标、成交通知书发送后即发生法律效力，这里的“法律效力”是政府采购合同的约束力还是其他呢？现行法律没有解释。如果不签署书面政府采购合同，采购人或者供应商是应该承担违约责任还是应该承担缔约过失责任呢？《政府采购法》没有给出答案。实践中，中标、成交通知书发送后，供应商如果拒绝签订书面的政府采购合同，那么，采购部门和财政部门通常都认为，供应商已经构成了违约责任，分别应该承担民事责任和行政责任。由于我国《政府采购法》没有规定对供应商不签订采购合同应该承担行政责任，我国《》只规定了民事责任，并未规定违约的行政责任。故行政处罚违反了责任法定、处罚法定的基本原则。采购人只能通过法院的民事诉讼，按照我国《合同法》的规定，要求供应商承担相应的民事责任。
二、政府采购合同在适用两部法律时的冲突。《政府采购法》第四十三条规定，政府采购合同适用《合同法》。《招标投标法》没有规定招标采购合同适用我国《合同法》的规定。由此而来，两部法律在适用公共采购合同时自然发生了冲突。根据《招标投标法》第四十五条、第四十六条规定，中标人确定后，招标人应当向中标人发出中标通知书，并同时将中标结果通知所有未中标的投标人。中标通知书对招标人和中标人具有法律效力。中标通知书发出后，招标人改变中标结果的，或者中标人放弃中标项目的，应当依法承担法律责任。招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。两部法律关于中标通知书的规定如出一辙。但《招标投标法》未规定招标采购合同是否适用《合同法》。
如果不适用《合同法》，那么通过招标程序达成的政府采购合同，在合同履行过程中势必与《政府采购法》相冲突；如果也适用《合同法》，那么在法律责任上同样与《政府采购法》相冲突，因为《政府采购法》没有规定中标供应商违反政府采购合同应该承担行政责任。这样一来，如果对同一供应商的违约行为同时适用两部法律，一部说应该给予行政处罚，另一部则说不应该行政处罚，那么我们究竟应该听谁的指挥呢？其次，也是存在着同样的问题，即中标通知书发出后对招标人和中标人具有法律效力。这里的“法律效力”是指合同约束力还是其他什么效力呢？如果是合同约束力，那么签订书面合同又将产生什么样的法律效力？《招标投标法》也是没有做出任何交待。
三、对于书面合同形式的理解所存在的矛盾。法律对合同形式的要求与合同成立密切相关，《合同法》为了有利于鼓励交易，保障交易安全，同时又考虑到有利于解决纠纷，明确相互之间的权利义务，对合同的形式作了广泛的要求。根据《合同法》规定，当事人订立合同，有书面形式、口头形式和其他形式。法律、行政法规规定采用书面形式的，应当采用书面形式。当事人约定采用书面形式的，应当采用书面形式。在政府采购活动中，招标文件、投标文件、中标通知书等都属于书面合同的组成部分，因此，中标通知书发出后即具有法律效力，应该说是合同的约束力，任何一方违反都应该承担违约责任。但是，《政府采购法》、《招标投标法》又规定了30天之内应该签订书面合同，显然这是画蛇添足，多此一举。由此而来，对于书面合同形式的理解自然存在许多的矛盾。
当然，我们都明白，政府采购合同更多的是体现国家利益和社会公共利益，多增加一些书面证据，能够更好地保护采购人的合法权益。但是，招标文件、投标文件、中标通知书这些书面证据已经足以保护采购主体的合法权益。正是基于此，ＷＴＯ《政府采购协定》没有规定双方必须再签订一份书面的政府采购合同。
综上所述，政府采购合同什么时候授予中标、成交供应商，何时开始生效，我国未来的公共采购立法必须予以明确。政府采购合同在适用《合同法》的同时，法律应该有一些特别规定或者例外规定。对于中标、成交通知书与书面政府采购合同之间的关系，应该明确究竟是以前者还是后者作为合同生效的标志。