建设工程合同履行中的纠纷主要是围绕工程的建设、交付和结算而发生的。司法实践中的建设工程合同纠纷也主要体现在工程质量、工程的交付和工程款的结算三个方面。
一、关于工程质量方面的纠纷
建设工程的质量主要由当事人约定，当事人可以约定工程质量标准。工程质量出现问题就建设单位与承包人即建筑施工方来说，一般其责任应由承包方承担。我国《建筑法》第58条规定："建筑施工企业对工程质量负责。建筑工程企业必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得偷工减料。工程设计的修改由原设计单位负责，建筑施工企业不得擅自修改工程设计。"第59条规定："建筑施工企业必须按照工程设计要求、施工技术标准和合同的约定，对建筑材料、建筑构配件和设备进行检验，不合格的不得使用。"第60条规定："建筑物在合理使用寿命内，必须确保地基基础工程和主体结构的质量。建筑工程竣工时，屋顶、墙面不得留有渗漏、开裂等质量缺陷;对已发现的质量缺陷，建筑施工企业应当修复。"但是由于工程没有达到约定的质量标准的原因是多方面的，其中既可能是勘察、设计、监理方面的原因，也可能是建筑施工企业施工造成的。因此，建筑工程质量问题涉及的有关责任分担问题是一个非常复杂的问题。总体上看，建筑工程质量问题的原因可以分为承包人原因和发包人原因以及其他原因三类。而不同原因造成的质量问题，在处理上是截然不同的。
(一)由于承包人原因造成的质量问题
《合同法》第281条规定："因施工人的原因致使建筑工程质量不符合约定的，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任"。第262条规定："承揽人交付的工作成果不符合质量要求的，定作人可以要求承揽人承担修理、重作、减少报酬、赔偿损失等违约责任"。因此，由于承包人原因造成的工程质量不符合约定，承包人首先应当承担修复义务，具体体现为修理、返工或者改建，以达到约定的质量要求和标准。审判实践中经常会遇到承包方对工程质量拒绝无偿修理或者返工、改建，而发包方请求减少支付工程价款或请求承包方支付修理费用的案件。对此，建设工程司法解释第11条规定："因承包人的过错造成建设工程质量不符合约定，承包人拒绝修理、返工或者改建，发包人请求减少支付工程价款的，应予支持"在办理这类案件中，对减多少工程价款及合理修复费用应如何确定是经常会遇到的问题。一般来说减少的工程价款数额及合理修复费用就是工程质量修复所实际发生的费用。其包括对原不合格工程进行拆除、重新返工、修复的建筑材料、机械设备及人工费用等对减少的工程价款数额及修复费用在双方达不成一致意见时，可采用对质量修复费用进行鉴定的方法予以确定。当然发包方在请求承包方承担质量修复费用后，不影响其依照合同约定及有关法律规定请求承包人承担违约责任及赔偿责任。
(二)由于发包人原因造成的质量问题
由于发包人原因造成的质量问题，在实践中主要表现为以下几个方面：提供的设计有缺陷;提供或者指定购买的建筑材料、建筑构配件、设备不符合强制性标准;直接指定分包人分包专业工程，等等。由于发包人过错造成的工程质量缺陷，发包人应当承担责任
司法实践中，发包人未经验收就擅自使用建设工程的情况也比较普遍。发包人在未经验收擅自使用后，却又以工程质量不符合约定为由要求承包人承担责任或者对抗承包人的工程款请求。对此，建设工程司法解释第13条规定："建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持;但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任"根据本条规定，在建设工程未经过竣工验收或者验收未通过的情况下，发包人违反法律规定，擅自或强行使用，即可视为发包人对建筑工程质量是认可的，或者虽然工程质量不合格其自愿承担质量责任。因为发包人使用未经验收的工程，其应当预见工程质量可能会存在质量问题，而且使用验收不合格的建筑工程就更直接说明发包人对不合格工程予以认可。随着发包人的提前使用，其工程质量责任风险也由施工单位随之转移给发包人，而且工程交付的时间，亦可认定为发包人提前使用的时间。但发包人仅对其擅自使用部分承担工程质量风险责任，就是说对未使用部分，其质量责任仍然由施工单位承担。根据《建筑法》第60条第1款的规定，建筑物在合理使用寿命内，必须确保地基基础工程和主体结构质量。无论建筑工程是否经进验收、发包人是否擅自使用，如果建筑工程在合理使用寿命内地基基础工程和主体结构质量出现问题，承包人仍然要承担责任。该规定是法律强制性规定，其要求承包人必须确保地基基础工程和主体结构质量在建筑物合理使用寿命内不能出现问题，这是承包人依照法律规定必须履行的工程质量保证义务，如果出现问题承包人就必须承担民事责任。
(三)由于其他原因造成的工程质量问题
主要是指由于发包人和承包人以外的其他原因造成的质量问题，包括第三人过错、不可抗力等。对于第三人造成的质量问题，又不可归责于发包人或者承包人的，第三人应对工程质量承担责任，其性质为侵权责任。对于不可抗力造成的工程质量，对于发包人和承包人来讲，双方均无责任，主要是风险转移的问题
二、关于工程交付方面的纠纷
关于工程交付方面的纠纷主要集中在竣工时间和工程量两个方面。竣工时间是判断工程是否按期完工的标准，而工程量则主要是计算工程款的依据，在通过正常途径难以计算工程量时，往往还要进行技术鉴定。
(一)关于竣工时间
竣工时间包括约定竣工时间和实际竣工时间：有时承包方可能会比合同预计的日期提前完工，有时也可能因为种种原因不能如期完工，而工程完工之日和竣工验收合格之日也可能有一个时间差，究竟以哪个时间点作为实际竣工日期至关重要。确定建设工程实际竣工日期，其法律意义涉及给付工程款的本金及利息起算时间、计算违约金的数额以及风险转移等诸多问题。建设工程司法解释第14条规定："当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：(一)建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期;(二)承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期;(三)建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。"该规定明确了在当事人对工程实际竣工时间有争议的情况下如何确定实际竣工时间的规则：
#p#副标题#e#1.建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日作为竣工日期，而不是以承包方提交竣工验收报告之日作为竣工日期
这里指的是一般正常情况，不包括发包方拖延验收的情形。
从《合同法》第286条规定来看，建设工程价款优先受偿权的主体是建设工程的承包人但承包人有总包人与分包人之分，在转包和违法分包的情况下，又有实际施工人一类主体，那么分包和实际施工人是否能够行使这一权利呢?
有人认为，优先权系对建设单位行使，因此从法律上讲分包单位不具备行使优先权的主体资格、
笔者认为，建设工程司法解释中提出了"实际施工人"的概念，并突破了合同的相对性，赋予实际施工人对发包人的请求权从最高人民法院制定该条的背景来看，规定对实际施工人利益的特殊保护条款，旨在维护广大农民工的合法权益，而且这一条款也考虑到了实际施工人与发包人之间也形成了事实上的权利义务关系的事实。
而从最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权的司法解释第3条的规定来看，建筑工程价款包括承包人为建设工程应当支付的工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，不包括承包人因发包人违约造成的损失，也就是说，工人工资包括农民工工资属于优先受偿权的范围，如果将这两个司法解释的条文结合理解的话，认为实际施工人也享有优先受偿权应当是顺理成章的结论。
如果实际施工人都享有这一权利的话，合法的分包人又凭什么不享有这一权利呢?首先，从合同关系上看，合法分包人不仅与总承包人之间存在合同关系，就其与发包人之间的关系来看，由于合法分包人地位"合法"的原因之一就是其分包合同是经过发包人同意的，因而合法分包人与发包人之间存在一种间接的"合意"。其次，从合法分包人请求权的内容来看，完全属于优先受偿权的范围。再次，从合法分包人与实际施工人的区别来看，二者之所以存在合法与非法的区别，完全是由分包行为的合法与否决定的，而不管分包行为是否有效，只要分包人完成了合格的建设工程，其就应当按照合同约定获得相应的工程款，因而分包行为合法与否并不是决定其是否享有优先受偿权的条件。
从国外的法律规定来看，关于优先受偿权的主体并不限于一级承包人，例如美国法律中就规定了"建设者留置权"，规定承包商、分包商、材料供应商以及普通工人，只要他对建设工程投入了合同要求的劳动或者材料设备，而未得到合同要求的款项，就可对在建的建筑物行使留置权，通过对在建工程的拍卖，所得款项优先支付所欠工程款和材料款。
由此可见，关于建设工程价款优先受偿权的主体，在很大程度上属于政策选择和价值取舍的问题。如果坚持合同的相对性原则，很自然地也会得出否定性的结论，认为分包人不能行使这一权利，如果突破合同的相对性，从维护施工人的利益出发，则可以得出肯定性的结论。
实际上，《合同法》第286条规定建设工程价款优先受偿权的本意就在于维护承包人的合法权益，而承包人的权益中实际上包含了劳动者工资等基本生存权的内容，在最高人民法院法释〔2002〕16号中体现的也是这一精神。既然如此，分包人所要求的建设工程价款又为何不可以享有优先受偿权呢?
分包人优先受偿权的行使方式应当与实际施工人一致，因为二者在本质上都是从总承包人或次承包人处取得施工权的，在很大程度上都是由于总承包人或次承包人由于种种原因怠于向发包人追偿工程款或者无法向发包人追偿工程款而行使这一权利的。一也就是说，二者行使这一权利的理由和方式在逻辑上应当是一致的。
由于目前法律、司法解释并未对合法分包人如何行使优先受偿权作出规定，笔者认为，可以参照建设工程司法解释第26条的规定办理。
4.建设工程价款优先受偿权适用范围
前面的引用已经表明，建设工程优先受偿权的范围限于承包人为建设工程应当支付的工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，不包括承包人因发包人违约造成的损失、
值得注意的是，2004年12月8日，最高人民法院(2004)民一他字第14号《关于装修装饰工程款是否享有合同法第286条规定的优先受偿权的函复》中认为，"装饰装修工程属于建设工程，可以适用《中华人民共和国合同法》第286条关于优先受偿权的规定，但装饰装修工程的发包人不是该建筑物所有权人或者承包人与该建筑物的所有权人之间没有合同关系的除外。享有优先受偿权的承包人只能在建筑物因装饰装修而增加价值的范围内优先受偿。"
5.建设工程价款优先受偿权的效力
根据司法解释的规定，建设工程价款优先受偿权的效力主要体现在三个方面：一是优先于抵押权;二是优先于其他债权;三是特定条件下不能对抗消费者，即消费者支付购买商品房的全部或者大部分款项后，承包人就该商品享有的工程价款优先受偿权不得对抗买受人。
6.建设工程价款优先受偿权的行使方式
根据《合同法》第286条的规定，优先权的行使方式有二，一是可以与发包人协议将该工程折价;二是可以申请人民法院将该工程依法拍卖关于第二种力一式的程序，目前法律没有规定，理论上有两种思路，一是类似于我国《民事诉讼法》中的公示催告，由权利人提出申请并公示，在一定期限内如没有利害关系人提出异议，则法院可以启动拍卖程序另一种就是权利人先通过仲裁或法院民事诉讼的程序取得以仲裁裁决书、法院判决书或者调解书形式确认的权利后，通过执行程序处理。